Les dix participants et leur certificat de formation.
Pendant une semaine, dix scientifiques et techniciens de laboratoire ont suivi la formation afin de comprendre les principales technologies de séquençage (Illumina, Nanopore) et l’apport de la bio-informatique. Plus spécifiquement, les objectifs de cette formation étaient de maitriser les principales étapes d’analyses bio-informatiques permettant de caractériser des isolats bactériens (gènes de résistance, de virulence, typage, etc.) après un séquençage de génome entier (Whole Genome Sequencing).
Les participants lors d’un atelier ludique pour appréhender les notions en phylogénie.
Parties théoriques et pratiques se sont alternées, permettant aux participants d’acquérir des bases en bio-informatique pour analyser leurs propres données et comprendre le rôle du NGS dans la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) en s’appuyant sur plusieurs projets de surveillance dont un projet « One Health » opéré par la Fondation Mérieux.
A l’issue de cette formation, terminée le 9 décembre, les participants ont acquis les compétences suivantes :
- Différencier les technologies de séquençage Illumina et Nanopore, comprendre les avantages de chacune, et décrire différents cas d’application ;
- Exploiter des données brutes de séquençage à travers un logiciel simple et gratuit pour en tirer des informations biologiques telles que la présence de gènes de résistance, de virulence ou de plasmides ;
- Comparer la proximité génétique de plusieurs souches bactériennes.
Ces compétences sont primordiales pour mettre en place une surveillance active de la RAM via le NGS en permettant d’étudier la transmission des résistances ou encore de caractériser l’émergence de nouvelles souches bactériennes résistantes pouvant survenir lors d’une épidémie.
Cette formation, ayant bénéficié d’une subvention à visée éducative de la part d’Illumina, est organisée dans le cadre du partenariat avec l’Anses qui s’inscrit dans les collaborations académiques nationales de la Fondation Mérieux initiées en 2020. En effet, la Fondation a réaffirmé sa volonté de s’appuyer sur les écosystèmes scientifiques locaux pour accélérer le transfert de l’innovation vers les pays du Sud et renforcer les capacités de recherche des pays où elle opère. Des collaborations stratégiques avec des chercheurs académiques ont ainsi été établies sur trois thématiques clés, notamment avec l’Anses sur la thématique RAM.