COVID-19 : la Fondation Mérieux apporte son expertise diagnostic et recherche sur le terrain

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Historiquement engagée au plus près des acteurs de terrain dans la lutte contre les maladies infectieuses, la Fondation Mérieux s’est mobilisée dès les premières alertes épidémiques pour apporter une aide adaptée aux pays en développement avec lesquels elle travaille.

Signalée pour la première fois le 31 décembre 2019 à Wuhan en Chine, la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a rapidement pris des proportions épidémiques à l’international et déstabilisé les systèmes de santé parmi les plus robustes. Fidèle à son engagement en faveur de la santé publique des pays en développement, la Fondation Mérieux s’est organisée, en lien avec ses partenaires, pour répondre à la crise. À travers l’envoi massif de tests de diagnostic, le lancement ou l’élargissement de projets et l’accompagnement des autorités de santé locales, la Fondation a fait de la lutte contre la COVID-19 une priorité.

Renforcer les capacités locales de diagnostic

Indispensable à l’identification des malades et à la mise en place de mesures de quarantaine efficaces, 24 envois de kits de diagnostic ont été envoyés à quatorze laboratoires dans treize pays dès le mois de mars 2020.

Renforcer localement la capacité de diagnostic du SARS-CoV-2

Un programme de transfert de compétences a été monté pour accompagner les structures locales dans la prise en charge de ces tests : transmission des procédures opérationnelles et des recommandations de l’OMS sur la biosécurité, envoi d’équipements de protection et de produits de désinfection, et organisation de téléconférences de formation avec chaque laboratoire.

Afin de fournir des volumes suffisants pour répondre à la demande, la Fondation a mobilisé deux différents kits de détection : le kit développé par le laboratoire de la Charité à Berlin, validé par l’OMS, et le kit développé par le Laboratoire Christophe Mérieux de Pékin, validé par le CDC Chinois (test avec lequel sont réalisés tous les dépistages COVID-19 en Chine).

Kit de détection du Sars-Cov-2 – laboratoire de la Charité, Allemagne

Ce test, validé par l’OMS, basé sur les séquences des coronavirus SARS-CoV-2 et des virus SARS-related, est composéé de deux réactions RT-PCR (Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) par échantillon : le test de dépistage de première ligne détecte des betacoronavirus de type SARS (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère) et le test de confirmation détecte spécifiquement le SARS-CoV-2.

Le consortium EVAg (European Virus Archive, consortium européen financé par le programme H2020) apporte son soutien et fournit les contrôles positifs, permettant de prouver que la détection par ce test est efficace.

Le kit développé par le Laboratoire Christophe Mérieux de Pékin, créé conjointement par la Fondation Mérieux et l’Académie Chinoise des Sciences Médicales (CAMS) et validé par le CDC Chinois, a également été envoyé. L’équipe de ce laboratoire a en effet développé un essai moléculaire permettant de détecter le SARS-CoV-2, basé sur une technique RT-PCR. C’est avec ce test que sont réalisés en Chine tous les diagnostics de l’épidémie en cours.

L’envoi de ces tests et l’accompagnement proposé permettent de pallier un manque d’outils et de technologie pour diagnostiquer efficacement et rapidement les cas d’infection par ce nouveau coronavirus.

Les Laboratoires Rodolphe Mérieux au cœur de la lutte contre la COVID-19

Les équipes des Laboratoires Rodolphe Mérieux, au Mali et à Madagascar notamment, se sont mobilisées dans la lutte contre l’épidémie COVID-19 dès les premiers signes d’alerte dans les pays. 

Le Laboratoire Rodolphe Mérieux de Beyrouth a été sollicité par le ministère de la Santé du Liban pour réaliser le dépistage COVID-19 aux côtés du laboratoire de l’Hôpital Universitaire Rafic Hariri. Les activités de dépistage de la COVID-19 y ont commencé dès le 7 mars 2020 et le laboratoire fait désormais partie des cinq laboratoires de référence pour le ministère de la Santé. Le taux de conformité des tests COVID-19 qui y sont réalisés a été évalué à 100% par l’OMS.

Au Brésil, le Laboratoire Rodolphe Mérieux de Rio Branco a été la première structure de l’état d’Acre à prendre en charge les tests COVID-19 (de mars à octobre 2020, près de 30 000 tests ont été réalisés). Le laboratoire reçoit les confirmations de test de tout le pays, mais également les tests de villes frontalières du Pérou et de Bolivie.

Le Laboratoire Rodolphe Mérieux du Cambodge a été également habilité par l’OMS et le ministère de la Santé du pays pour la réalisation du diagnostic COVID-19.

En République démocratique du Congo, le Laboratoire Rodolphe Mérieux de Goma est également un acteur central dans la lutte contre l’épidémie COVID-19 dans le pays. Les équipes y analysent les échantillons prélevés dans le cadre de la surveillance de la région et réalisent les tests pour tous les voyageurs des vols nationaux et internationaux. Au total, ce sont plus de 200 tests qui sont réalisés quotidiennement.

Limiter les infections nosocomiales

Au-delà de l’action d’urgence que représente la nécessité de diagnostiquer les cas de COVID-19, il est important de proposer des solutions pour identifier et réduire les risques de transmission dans les hôpitaux. Il a été démontré que la maladie à SARS-CoV-2, comme le SARS-CoV-1 en 2003, se caractérise notamment par un taux d’infections nosocomiales particulièrement élevé. Face à ce constat, la Fondation Mérieux, en collaboration avec le Pr Philippe Vanhems, épidémiologiste aux Hospices Civils de Lyon, a développé un protocole de recherche pour l’évaluation du risque de transmission nosocomiale du SARS-CoV-2 : le projet NOSO-COR.

Il s’agit d’une étude prospective non interventionnelle en milieu hospitalier ayant pour objectif de décrire et documenter les cas de COVID-19, la transmission nosocomiale à l’hôpital et de décrire les pratiques et politiques de prévention et de contrôle des infections dans les hôpitaux.

Le projet NOSO-COR présente deux aspects :

  • un mapping des compétences dans les hôpitaux pour identifier les interventions nécessaires afin de limiter les cas d’infections nosocomiales ;
  • une étude épidémiologique pour une meilleure connaissance des chaînes de transmission et de l’impact des mesures de prévention et de contrôle de l’infection en milieu hospitalier, afin d’identifier les facteurs de risque déterminants pour ces cas.

Cette étude est implémentée dans les pays suivants :

  • Afrique en collaboration avec Africa CDC et avec le soutien de la Bill & Melinda Gates Foundation
    • Côte d’Ivoire (Institut National d’Hygiène Publique et Treichville University Hospital à Abidjan),
    • Guinée (Institut national de Santé Publique et CHU de Conakry),
    • Madagascar (Centre d’Infectiologie Charles Mérieux à l’Université d’ Ankatso à Antananarivo et les hôpitaux de Befelatanana et Anosiala à Antananarivo),
    • Mali (Centre d’infectiologie Charles Mérieux deBamako et l’Hôpital Universitaire Point G),
  • Asie
    • Bangladesh (iccdr,b hôpital de Dhaka)
  • Moyen -Orient
    • Liban (Laboratoire Rodolphe Mérieux de Beyrouth et Hôpital Saint Joseph)
  • Amérique
    • Brésil (Hospital das clinicas)

Par ailleurs, ce protocole est actuellement proposé à 8 CHU sur le territoire français, afin de pouvoir, à terme, partager résultats et expériences.

La Fondation gère l’implantation du protocole de recherche dans les pays, notamment dans les laboratoires de recherche membres du réseau GABRIEL, et les Hospices Civils de Lyon sont responsables de l’implantation dans les CHU français. Le Pr Jianwey Wang, du Laboratoire Christophe Mérieux de Bejin, assure le rôle de conseiller scientifique.

L’étude a été enregistrée sur le site clinicaltrials.gov sous l’identifiant NCT04290780. Le projet a été approuvé au comité d’éthique en France et aux comités d’éthique nationaux des pays partenaires.

Accompagner les professionnels de santé

Tout au long de la crise, les experts de la Fondation ont veillé à maintenir des échanges réguliers avec les responsables de santé et les professionnels de terrain, notamment via les réseaux de laboratoires qu’elle anime.

En fournissant un accompagnement individualisé, articulé avec les acteurs de terrain les équipes de la Fondation ont facilité et guidé les travaux des personnels des laboratoires. Elles ont apporté des conseils à la fois sur les tests  à utiliser, manipulation des échantillons, protocoles de transport, mais aussi sur les stratégies de dépistage et les politiques de riposte à mettre en place au niveau national.

La Fondation a également été sollicitée par les Directions des Laboratoires sur des questions liées à la stratégie de diagnostic et à l’élaboration de réponses de santé publique.

Pour favoriser le partage des connaissances et des nombreuses expériences des pays partenaires, et la mise à disposition d’informations pour tous les professionnels de santé en première ligne face à l’épidémie, la Fondation Mérieux s’est investie dans l’organisation d’évènements dédiés à cette thématique : un webinar ACDx Covid-19 rassemblant près de 400 participants a ainsi été organisé pour mettre en lumière les pratiques et retours d’expérience de pays sur 4 continents.

En partenariat avec FIND (Foundation for Innovative New Diagnostics), la LSHTM (London School of Hygiene and Tropical Medicine) et l’ASLM (African Society of Laboratory Medicine), la Fondation a permis de développer un MOOC en français sur le diagnostic de la COVID-19 destiné aux personnels de laboratoire. Ce support de formation à distance permet notamment aux apprenants de bénéficier du partage d’expériences du Mali et du Burkina Faso, avec les témoignages du Professeur Kouriba, (Centre d’Infectiologie Charles Mérieux à Bamako, Mali) et du Professeur Ouedraogo ( Laboratoire National de Référence pour la résistance aux anti-microbiens du Burkina Faso). Son développement a été possible grâce au soutien de l’AFD dans le cadre de l’Initiative « Santé en commun », venue renforcer notamment le projet RESAOLAB en cours.

Adapter les projets en cours

Plusieurs projets déjà initiés ont bénéficié de subventions supplémentaires ou de réallocation budgétaire pour répondre à l’urgence COVID-19. Cette réactivité et cette capacité d’adaptation doivent beaucoup aux liens de confiance qui lient la Fondation et ses partenaires financiers – un atout qui fait la force de l’engagement de la Fondation, et a fait la différence dans le contexte de crise sanitaire du printemps 2020.

Parmi ces réorientations d’urgence :

  • L’AFD (Agence Française de Développement) a affecté une enveloppe supplémentaire pour soutenir les Directions des laboratoires des sept pays membres du programme RESAOLAB, et a alloué un financement COVID-19 au projet LABOGUI en faveur de 39 laboratoires hospitaliers en Guinée (équipements de protection, réactifs et désinfectants).
  • L’AFD vient également en aide aux Centres GHESKIO en Haïti, partenaire historique de la Fondation Mérieux, pour renforcer la capacité de diagnostic et fournir une assistance technique au Laboratoire de Santé Publique.
  • Expertise France a fourni un financement complémentaire pour introduire un volet COVID-19 au projet APRECIT à Madagascar et au Cameroun. APRECIT, qui avait pour objectif initial de comparer les stratégies de dépistage de la tuberculose, intègre à présent des tests de dépistage de la COVID-19 et analysera les interactions entre les deux pathologies.
  •  Expertise France finance un complément COVID-19 dans le cadre du projet EVAMAD à Madagascar qui porte sur l’augmentation de la couverture du test de la charge virale VIH : travail de prévention et lancement d’une étude sur la co-infection VIH/COVID-19.

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